ปลาในแนวปะการังเป็นผู้ควบคุมประชากรสิ่งมีชีวิตต่างๆ ให้มีความหลากหลายและเกิดความสมดุลของสังคมสิ่งมีชีวิตในแนวปะการัง กลุ่มปลากินพืช ได้แก่ ปลาขี้ตังเบ็ด ปลานกแก้ว ปลาสลิดหิน ที่คอยควบคุมประชากรสาหร่ายไม่ให้มีมากเกินไป ซี่งจะช่วยเพิ่มโอกาสให้ตัวอ่อนปะการังได้มีพื้นที่ลงเกาะ ซึ่งจะทำให้มีปะการังเพิ่มมากขึ้น กลุ่มปลาที่กินสัตว์ไม่มีกระดูกสันหลัง โดยเป็นสัดส่วนของชนิดปลาประมาณ 30-55% ของชนิดปลารวมทั้งหมด ซึ่งสัดส่วนมักจะสูงที่สุดเมื่อเปรียบเทียบกับกลุ่มปลาที่มีนิสัยการกินแบบอื่นๆ ได้แก่ ปลานกขุนทอง ปลาผีเสื้อ ปลาสินสมุทร ปลาอมไข่ ปลาข้าวเม่าน้ำลึก ปลากะพง ปลาสร้อยนกเขา ปลาวัว และปลาปักเป้า เป็นต้น จะมีการควบคุมสัตว์ไม่มีกระดูกสันหลังในระบบนิเวศปะการัง ซึ่งมีทั้งประเภทสัตว์ยึดติดพื้น เช่น ปะการัง ปะการังอ่อน ฟองน้ำ เพรียงหัวหอม หอยสองฝา ฯลฯ และสัตว์ไม่มีกระดูกสันหลังที่เคลื่อนที่ เช่น กุ้ง กั้ง ปู ปลาดาว ปลิงทะเล หนอนทะเล ฯลฯ กลุ่มปลาที่กินปลาด้วยกัน จะเป็นผู้ควบคุมและคัดสรรประชากรปลาด้วยกันโดยจะเลือกกินเหยื่อที่อ่อนแอ ซึ่งทำให้ปลาที่แข็งแรงเป็นผู้ที่สามารถสืบเผ่าพันธุ์ต่อไปได้ นอกจากนี้ยังมีปลากลุ่มที่กินแพลงก์ตอนเป็นอาหาร ได้แก่ ปลากล้วย ปลากะรังจิ๋ว ปลาอมไข่ ปลากระดี่ทะเล ซึ่งจะรวมกลุ่มกันกินแพลงก์ตอนสัตว์ โดยสิ่งขับถ่ายจากปลาจะเป็นการถ่ายทอดพลังงานเพื่อให้เกิดการหมุนเวียนในระบบห่วงโซ่ของแนวปะการังต่อไป ปลานกแก้วที่ชอบขูดกินสาหร่ายและส่วนของหินปูนของปะการัง ซึ่งเมื่อขับถ่ายออกมาเป็นตะกอนหินปูน ซึ่งประมาณกันว่าปลานกแก้วแต่ละตัวสามารถผลิตได้มากถึง 5 ตัน/ปีทีเดียว ซึ่งกระบวนการทั้งหมดจะถูกควบคุมกันโดยห่วงโซ่อาหารเพื่อสร้างสมดุลในระบบนิเวศแนวปะการัง